Die Sitzungen werden üblicherweise am ersten Dienstag einer vollen Woche eines Monats terminiert. Der ZKBS-Vorsitz eröffnet die Sitzung. Sodann wird die Beschlussfähigkeit festgestellt – die ZKBS ist per Gesetz nur beschlussfähig, wenn alle Mitglieder geladen und mindestens zehn stimmberechtigte Mitglieder, davon mindestens sechs Sachverständige anwesend sind.
Nachdem das Protokoll der vergangenen Sitzung genehmigt wurde, werden die jeweiligen Sachfragen bearbeitet. Das beginnt damit, dass eine wissenschaftliche Referentin oder ein wissenschaftlicher Referent der ZKBS-Geschäftsstelle über die Inhalte und Problemstellungen einer Fragestellung bzw. eines Antrags referiert. Daraufhin machen zwei berichterstattende ZKBS-Mitglieder ergänzende oder ggf. korrigierende Ausführungen und schlagen eine vorab vorbereitete Stellungnahme einschließlich der Risiko- bzw. Sicherheitseinstufungen zur Abstimmung vor.
In eher seltenen Fällen lädt die ZKBS zur weiteren Informationsgewinnung externe Sachverständige oder die Antragstellerinnen oder Antragsteller ein.
Die Beschlussfassung erfolgt sodann mit der Mehrheit der Stimmen der anwesenden Mitglieder. Überstimmte Mitglieder können verlangen, dass der verabschiedeten Stellungnahme ein oder mehrere Sondervoten angefügt werden.
